市境内上古时期已有人类，已发现多处新石器时代晚期人类生产、生活的遗迹和遗物。先秦时期属百粤（越）范围。公元前214年（秦始皇三十三年）在今博罗“缚娄”族居地置傅罗县后，今市境为南海郡傅罗县（后称博罗县）的一部分。西汉前期近百年间，处于赵氏南越国治理之下。公元前111年（汉元鼎六年），汉武帝统一岭南，结束南越国统治。东晋析南海郡置东官郡，博罗县先后析置海丰、欣乐、安怀3县，博罗、欣乐两县隶南海郡，而安怀县隶东官郡。南宋，安怀、欣乐两县隶东官郡，博罗县隶南海郡。至南齐，安怀县改名怀安县，博罗县析置罗阳县隶南海郡。至503年（梁天监二年），南海郡析置梁化郡，设郡治于梁化屯。怀安县并入欣乐县，罗阳县并入博罗县。博罗县与欣乐县同隶梁化郡。588年（陈祯明二年），欣乐县改名归善县。

　　589年（隋开皇九年），废梁化郡，在今市境置循州。607年（隋大业三年），循州改称龙川郡。622年（唐武德五年）复为循州。唐代曾易名雷乡郡、海丰郡。917年（南汉乾亨元年）改置祯州。1020年（宋天禧四年）改称惠州。1279年（元至元十六年）改为惠州路，明、清为惠州府。1496年（明弘治九年），设立龙门县，隶广州府。

　　1912年（民国元年）归善县改名惠阳县。1914年6月，惠阳、博罗两县属潮循道，龙门县属粤海道。1920年废道后，先后隶东区善后督办处或绥靖处（临时政区）。1925年7月，隶属广东省东江行政区。1932年1月，隶属东绥靖区。1936年，隶属广东省第四行政督察区，1947年隶属第五专署行政督察区。1949年（民国38年）2月后，惠阳、博罗两县隶属第二行政督察区，龙门县隶属第六行政督察区。

　　新中国成立后，市境行政区划及其隶属多次调整。1949年12月设东江专区，次年1月撤销，惠阳县划属粤东行政区，博罗、龙门两县划属粤中行政区，至1956年1月这3县同隶新设立的惠阳专区。1958年4月，惠阳县析惠州镇置惠州市（县级）、析县东部置惠东县。同年11月龙门县并入增城县，隶属广州市。11月、12月先后撤销惠州市、惠东县，仍划归惠阳县。1959年3月惠阳专区撤销，惠阳、博罗两县划归佛山专区。1961年10月恢复龙门县，亦划归佛山专区。1963年7月恢复惠阳专区，惠阳、博罗、龙门3县划归惠阳专区。1964年10月惠阳县再析惠州镇设惠州市（县级），1965年7月恢复惠东县。1970年10月惠阳专区改称惠阳地区，辖区未变，惠阳、惠东、博罗、龙门4县及惠州市仍隶之。1975年3月龙门县划归广州市。

　　1988年1月7日，国务院批准撤销惠阳地区建制，分设惠州、东莞、汕尾、河源4个地级市。惠州市管辖惠城区、惠阳县、惠东县、博罗县、龙门县。1994年5月惠阳撤县改市（县级），由惠州市代管；至2003年3月又撤市设区，隶惠州市，6月10日挂牌。2012年底，全市县（区）以下划分为1个乡、52个镇，16个街道办事处。